Margaret lahir pada tahun 1242 di Benteng Klis, Kerajaan Croatia. Ayahnya ada raja Bela IV dari Hungaria dan ibunya bernama Maria Laskarina. Orang tuanya bersumpah apabila Hungaria dibebaskan dari kaum Mongolia, mereka akan mendedikasikan anaknya kepada agama.
Pada tahun 1245 di usianya yang ke 3 tahun, Margaret dititipkan oleh orang tuanya di biara Dominikan Veszprem. Selang 6 tahun kemudian, ia dipindahkan ke Biara Perawan Terberkati yang didirikan oleh orang tuanya di Nyulak Szigete dekat Buda. Disana ia menghabiskan sisa hidupnya dengan penuh ketaatan. Disisi lain Margaret juga menentang kehendak ayahnya untuk dinikahkan dengan raja Ottokar II dari Bohemia.
Ketika berusia 18 tahun Margaret mengucapkan kaul yang semakin mempertegas keinginannya untuk hidup suci. Margaret adalah pribadi sederhana dan ia senang melakukan pekerjaan rumah tangga seperti mencuci piring, menyapu rumah dan tugas rumah tangga lainnya. Ia memiliki kelembutan hati terhadap orang-orang miskin dan kerap kali merasa sedih ketika ia tidak bisa memberikan apa-apa untuk mereka. Hidupnya dipenuhi dengan doa dan kerja keras terus menerus.
Cintanya yang lembut kepada Yesus membuatnya ingin ikut merasakan penderitaan dan penghinaan-Nya, sehingga ia sering meminta sahabatnya untuk mencambuknya dengan keras. Cintanya kepada Bunda Maria juga begitu besar, sehingga hanya dengan mendengar nama Maria, ia akan berlutut dan menundukkan kepalanya ke tanah untuk memberikan penghormatan kepada Bunda Maria yang sangat ia hormati sebagai “Bunda Allah dan harapan saya.”
Margaret meninggal pada tanggal 18 Januari 1270 di usia ke 28 tahun. Ia pun dikanonisasi 19 November 1943 oleh Paus Pius XII.