Bonifasius IV lahir di Valeria, kekaisaran Romawi Timur sekitar tahun 550. Ayahnya bernama John adalah seorang dokter. Selama masa kepausan Gregorius I, Bonifasius adalah seorang diakon Gereja Roma dan memegang posisi dispensator, yaitu pejabat pertama yang berhubungan dengan administrasi warisan.
Bonifasius IV terpilih menjadi Paus menggantikan Paus Bonifasius III. Namun, terjadi kekosongan jabatan selama 9 bulan karena menunggu konfirmasi kekaisaran dari Konstantinopel. Ia ditahbiskan menjadi Paus pada tanggal 25 September 608. Paus Bonifasius IV memperoleh izin kaisar fokas untuk mengubah Pantheon di Roma menjadi gereja Kristen. Lalu pada tanggal 13 Mei 609, kuil yang didirikan oleh Agrippa untuk menyembah dewa-dewi dikuduskan untuk menghormati Perawan Maria dan semua martir. Hal ini merupakan kali pertama Kuil Pagan diubah menjadi tempat ibadah umat Kristen.
Pada tahun 610, uskup pertama London yang bernama Santo Melitus pergi ke Roma untuk berkonsultasi dengan Paus Bonifasius IV mengenai hal-hal penting yang berkaitan dengan Gereja Inggris yang baru didirikan. Paus Bonifasius IV mendukung penuh perluasan iman kristiani di Inggris. Ia juga mendorong reformasi di antara para rohaniwan dan menyeimbangkannya dengan perbaikan kondisi hidup serta pekerjaan mereka. Antara tahun 612-615, ia bekerjasama dengan Santo Kolumbanus, saling bekerjasama untuk meringankan penderitaan di Roma karena kelaparan dan penyakit yang mengikutinya.
Menjelang akhir hidupnya, Paus Bonifasius IV mengubah rumahnya sendiri menjadi sebuah biara, dimana ia pensiun dan meninggal dunia disana pada tanggal 8 Mei 615. Paus Bonifasius IV dihormati sebagai orang kudus dalam martirologi Roma pada hari perayaannya tanggal 8 Mei.
