Francesco Borgia de Candia d’Aragon lahir pada tanggal 28 Oktober 1510 di Gandia, Valencia, Spanyol. Ayahnya adalah seorang raja muda Gandia yang bernama Juan de Borgia dan ibunya bernama Juanna de Aragon. Fransiskus juga mempunyai seorang adik yang bernama Tomas Borgia. Adiknya ini pun kelak akan ditahbiskan menjadi Uskup Malaga dan Uskup Zaragoza.
Sejak masih kecil, Fransiskus sudah menunjukkan cita-citanya untuk menjadi seorang biarawan. Hal ini terlihat dari cara hidupnya yang saleh. Namun, keluarganya malah mengirim Fransiskus ke Istana Raja Charles V dari kekaisaran Romawi Suci. Disana, ia disambut dengan hangat dan diterima sebagai keluarga kerajaan, serta ia diberi kesempatan untuk selalu menemani kaisar.
Lalu, pada bulan September 1526, Fransiskus menikah dengan seorang putri bangsawan bernama Leonor de Castro Mello y Meneses dan mereka dikaruniai 8 orang anak. Kemudian, pada tahun 1539, Fransiskus dinobatkan sebagai raja muda Catalonia. Sebagai seorang raja yang beragama Kristen, ia memimpin kerajaannya dengan bijaksana dan saleh. Ia menunjukkan teladan hidup dalam ajaran Kristiani kepada rakyatnya. Selain itu, Fransiskus juga bertindak tegas kepada para bangsawan yang melakukan korupsi. Karena cara kepemimpinannya tersebut, banyak orang yang tidak menyukainya.
Ketika Ratu Isabela meninggal dunia, Fransiskus mendapatkan tugas untuk mengawal pemakaman sang ratu di Granada. Sebelum dimakamkan, peti jenazah ratu dibuka untuk memastikan jenazah yang didalamnya benar adalah Ratu Isabela. Saat peti jenazahnya dibuka, terkejutlah Fransiskus melihat jenazah ratu yang sudah berbau busuk dan hancur. Ia menyaksikan kehancuran dari sang ratu yang dulu sangat cantik dan sangat ia puja. Peristiwa itu, menyadarkan Fransiskus untuk tidak akan lagi mengabdi pada penguasa duniawi. Ia bertekad akan menyerahkan dan mempersembahkan hidupnya untuk Tuhan dan berjanji akan memperbaiki cara hidupnya.
Setelah istrinya meninggal dunia ditahun 1546, Fransiskus memutuskan untuk masuk Serikat Yesus. Segala hartanya ia wariskan kepada anaknya yang sulung. Lalu, Fransiskus pun ditahbiskan menjadi seorang imam diusianya ke 41 tahun. Ia dicintai oleh saudara-saudara Jesuitnya kerena kerendahan hati dan cara hidupnya yang sederhana. Ia tidak segan untuk mengerjakan pekerjaan yang kasar dan hina dimata orang lain. Melalui khotbah-khotbahnya, Fransiskus mampu menyentuh hati banyak orang untuk bertobat.
Selain itu, Fransiskus berhasil mendirikan sebuah universitas ternama yaitu Universitas Gregoriana di Roma. kesuksesannya ini telah menarik perhatian dari Paus Julius III yang ingin mentahbiskannya menjadi seorang kardinal. Akan tetapi, Fransiskus merasa tidak layak dengan jabatan itu dan ia pun lebih suka melayani sebagai misionaris. Maka, Fransiskus pun pergi dari kota Roma secara diam-diam dan kembali ke Basque, Spanyol. Disana, Fransiskus menghabiskan waktunya dalam doa dan keheningan.
Namun, karena bujukkan dari para saudara Jesuitnya, Fransiskus diminta untuk menerima jabatan baru sebagai Komisaris Jenderal Serikat Yesus yang ditawari oleh Santo Ignatius de Loyola. Pada akhirnya, Fransiskus pun menerima jabatan tersebut pada tahun 1554. Selang 2 tahun kemudian, Fransiskus juga diberi tanggung jawab untuk mengelola karya misionaris Jesuit di Hindia Timur dan Hindia Barat. Kemudian, ditahun 1565 Fransiskus terpilih menjadi Superior Jenderal Serikat Yesus yang ketiga untuk menggantikan Diego Laynez. SJ yang meninggal dunia pada bulan Januari 1565.
Cita-citanya sebagai pemimpin Serikat Yesus adalah menyebarluaskan karya misionarisnya ke seluruh dunia. Ia mengirim para misionarisnya ke Polandia, Meksiko, Peru dan Brasilia. Ia juga semakin memperbanyak kolose Jesuit untuk mendidik para biarawan demi melanjutkan karya gereja. Lalu, diusianya ke 61 tahun, Fransiskus diberi tugas oleh Paus Pius V untuk menyatukan kembali para raja Kristen untuk menghadapi ancaman bangsa-bangsa Turki. Selain itu, Fransiskus juga bekerjasama dengan Paus Pius V dan Santo Karolus Borromeus untuk mereformasi gereja.
Fransiskus Borgia meninggal dunia karena sakit 30 September 1572 di Ferrara, Italia dan jenazahnya dimakamkan di Madrid, Spanyol. Lalu, Fransiskus dibeatifikasi 23 November 1624 oleh Paus Gregorius XV dan dikanonisasi 20 Juni 1670 oleh Paus Klemens X.
