Francisco de Jaso y Azpilcueta lahir 7 April 1506 di kastil Xavier, Spanyol dan ia merupakan putra bangsawan Basque di Navarro. Diusia 19 tahun, Fransiskus masuk Universitas Paris dan lulus dengan nilai terbaik ditahun 1530. Lalu ia melanjutkan studinya dibidang teologi. Disana ia bertemu dengan Santo Petrus Faber dan Santo Ignatius Loyola yang saat itu mereka sedang mendirikan sebuah serikat religius yang disebut Serikat Yesus. Melihat kecerdasan Fransiskus, Ignatius Loyola mengajaknya untuk bergabung dalam serikat yang ia dirikan tersebut.
Pada awalnya, Fransiskus tidak tertarik dengan tawaran itu karena ia lebih ingin menghabiskan waktunya untuk bersenang-senang. Setelah diberi pemahaman oleh Ignatius lewat Kitab Suci, akhirnya Fransiskus pun menyadari bahwa panggilannya bukanlah untuk duniawi tetapi untuk membaktikan dirinya bagi Tuhan. Kemudian, bersama dengan Petrus Faber, Ignatius Loyola dan 4 imam baru lainnya, Fransiskus mengikat janji di Montmartre dan mendirikan Serikat Yesus pada 15 Agustus 1534, dengan mengucapkan kaul kemiskinan dan kesucian.
Diusia 34 tahun, Ignatius Loyola mengutus Fransiskus sebagai misionaris ke Hindia Belanda. Ia berkarya dengan begitu gemilang disemua wilayah perutusannya. Mulai dari Goa, India, Srilanka, Indonesia, Jepang serta pulau-pulau lain di timur. Fransiskus mempertobatkan dan membaptis begitu banyak orang.
Pada tanggal 1 Januari 1546 Fransiskus Xaverius tiba di Ambon dan tinggal disana hingga pertengahan bulan Juni. Dalam waktu singkat itu ia berhasil membaptis ribuan orang Ambon menjadi Kristen. Setelah itu ia mengunjungi Maluku,Ternate dan Moro. Misi di Ambon ini menjadi salah satu awal sejarah Gereja Katolik di Indonesia.
Lalu, Fransiskus tiba di Jepang pada tanggal 27 Juli 1549. Ia mulai berkarya di Kagoshima, pelabuhan utama provinsi Satsuma di Pulau Kyūshū dan di Yamaguchi. Karyanya di Jepang dapat dianggap membuahkan hasil dengan dibentuknya jemaat-jemaat Kristiani di Hirado, Yamaguchi dan Bungo. Fransiskus tinggal lebih dari 2 tahun di Jepang dan menyaksikan lahirnya Jesuit-Jesuit penerusnya.
Di awal September 1552, ia tiba di pulau Shangchuan di Tiongkok (Hong Kong). Fransiskus jatuh sakit pada tanggal 21 November 1552 dan meninggal dunia di pulau itu pada tanggal 2 Desember 1552 diusia 46 tahun.
Awalnya ia dimakamkan di sebuah pantai di Shangchuan. Jenazahnya yang masih utuh dipindahkan dari pulau itu pada bulan Februari 1553 dan disemayamkan sementara waktu di gedung Gereja Santo Paulus di Malaka pada tanggal 22 Maret 1553. Sebuah makam yang terbuka dalam gereja itu saat ini menandai tempat jenazah Xaverius pernah disemayamkan.
Pada tanggal 11 Desember 1553, jenazah Fransiskus kembali dibawa berlayar, diangkut dengan sebuah sampan berhias. Setelah singgah di Srilanka dan Cochin, akhirnya jenazahnya tiba di Goa, India pada tanggal 15 Maret 1554. Ribuan orang menciumi kaki jenazah Xaverius dan banyak mujizat dilaporkan terjadi. Jenazah yang tidak membusuk itu kini disemayamkan di Basilika Bom Jésus di Goa dalam sebuah peti perak pada tanggal 2 Desember 1637.
Lengan depan (siku hingga pergelangan) sebelah kanan, yang digunakan Xaverius untuk memberkati dan membaptis orang, dipisahkan oleh Prefektur Jenderal Serikat Yesus Claudio Acquaviva pada tahun 1614 dan kini dipamerkan dalam sebuah relikuarium perak dalam gereja Il Gesù, gereja utama para Jesuit di Roma.
Fransiskus dibeatifikasi 25 Oktober 1619 oleh Paus Paulus V dan dikanonisasi 12 Maret 1622 oleh Paus Gregorius XV.
