Pakomius lahir sekitar tahun 292 di Tebais, Mesir dan orangtuanya adalah seorang penyembah berhala. Pada usia 21 tahun, Pakomius terseret ke dalam sebuah upaya perekrutan tentara Romawi, suatu hal yang biasa terjadi selama periode kekacauan dan perang saudara. Bersama beberapa pemuda lainnya, ia dimasukkan ke dalam sebuah kapal yang mengarungi Sungai Nil dan tiba di Thebes pada malam hari. Disini, ia pertama kali bertemu dengan orang-orang Kristen setempat yang biasanya membawa makanan dan penghiburan setiap hari untuk para pasukan wajib militer. Hal ini memberikan kesan yang mendalam bagi Pakomius dan Pakomius berjanji untuk mempelajari kekristenan lebih jauh ketika ia keluar dari sana. :Pada akhirnya, Pakomius berhasil meninggalkan pasukan tanpa harus berperang dan ia pindah ke Desa Sheneset di hulu Mesir. Kemudian, Pakomius bertobat dan dibaptis pada tahun 314.
Lalu, Pakomius bertemu dengan beberapa pertapa terkenal dan memutuskan untuk menempuh jalan sebagai pertapa di bawah bimbingan pertapa yang bernama Palaemon. Salah satu devosi yang terkenal saat itu adalah berdoa dengan tangan terentang membentuk salib. Setelah mendapatkan bimbingan dari Palaemon selama 7 tahun, Pakomius berangkat untuk menjalani hidup pertapaan yang dekat dengan Santo Antonius dari Mesir.
Suatu hari, Pakomius mendengar suara dalam bahasa Tabennisi yang menyuruhnya untuk membangun sebuah tempat tinggal bagi para pertapa yang akan datang. Suara itu berkata, “Pakomius, Pakomius! Berjuanglah, tinggallah di tempat ini dan dirikanlah sebuah biara, karena banyak orang akan datang kepadamu untuk menjadi biarawan bersamamu, dan mereka akan mendapatkan keuntungan bagi jiwa mereka.” Lalu, saat Pakomius sedang berdoa di malam hari, Pakomius mendapatkan suatu penglihatan tentang seorang malaikat yang berkata kepadanya sebanyak 3 kali, “Pakomius, Pakomius, kehendak Tuhan adalah [bagimu] untuk melayani umat manusia dan menyatukan mereka dengan diri-Nya sendiri”.
Setelah itu, Pakomius pun mendirikan biara pertamanya antara ditahun 318 dan tahun 323 yang terletak di Tabennisi, Mesir. Kakak laki-lakinya yang bernama Yohanes, bergabung bersamanya dan disusul segera dengan datangnya lebih dari 100 pertapa tinggal di dekat tempatnya. Karena jumlah pertapa yang bergabung semakin banyak, maka Pakomius mulai membangun disiplin dan kebiasaan-kebiasaan rohani biara khususnya praktik Senobitik. Tahun 336, Pakomius menghabiskan sebagian besar waktunya di biara Pbow. Meskipun Pakomius sering kali melayani sebagai lektor bagi umatnya, Pakomius dan para biarawannya tidak ada yang menjadi imam.
Pakomius melanjutkan pelayanannya sebagai seorang kepala biara selama kurang lebih 30 tahun. Saat terjadi epidemik, Pakomius memanggil para pertapa dan menguatkan iman mereka, tetapi Pakomius belum berhasil menemukan pengganti dirinya. Pakomius meninggal dunia pada tanggal 9 Mei 348. Pada saat Pakomius meninggal dunia, 8 biara dan ratusan biarawan mengikuti regula biaranya. Dalam 1 generasi, praktik-praktik senobik menyebar dari Mesir ke Palestina, Gurun Yudea, Suriah, Afrika Utara dan akhirnya menyebar sampai ke Eropa Barat. Jumlah biarawan yang sudah tersebar mungkin mencapai 7000 biarawan.
Reputasinya sebagai orang kudus tetap bertahan hingga saat ini. Di antara semua mukjizat yang dikaitkan dengan Pakomius, adalah kemampuannya secara ajaib untuk berbicara dalam bahasa Yunani dan Latin, meskipun pada dasarnya, ia tidak pernah belajar bahasa Yunani atau Latin. Pachomius juga dianggap sebagai orang Kristen pertama yang menggunakan dan menganjurkan penggunaan tali doa.
