Stanislaus lahir 28 Oktober 1550 di Rostkowo, Polandia. Ayahnya bernama Yohanes Kostka dan ibunya bernama Margaret de Drobniy Kryska. Stanislaus adalah anak kedua dari 7 bersaudara. Mereka dididik sangat keras oleh kedua orangtuanya dan semua ajaran keras itu mengarah kepada sifat kesalehan, kerendahan hati, kesederhanaan dan kepatuhan.
Tanggal 25 Juli 1564, Stanislaus beserta kakaknya Paul dan guru pribadinya tiba di Vienna, Austria untuk masuk sekolah Jesuit. Di sekolahnya, Stanislaus dikenal sebagai seorang siswa yang ramah, ceria, saleh dan mempunyai semangat religius yang tinggi. Sikap ketaatan yang dimiliki Stanislaus membuat Paul, sang kakak merasa jengkel. Hal ini menyebabkan pertengkaran diantara keduanya, sehingga Stanislaus memutuskan untuk melarikan diri dari sekolah dan pergi menuju Roma.
Hidup religius yang mendalam membuat Stanislaus akhirnya memutuskan untuk melamar di Biara Induk Serikat Jesuit di Roma. Meskipun jarak dari kota Wina ke Roma sangat jauh dan berbahaya, hal itu tidak membuat Stanislaus menyerah untuk pulang. Ia sempat tinggal di Provincial Serikat Jesuit, Dillingen Jerman. Saat itu, Santo Petrus Kanisius menempatkannya bersama para calon novis di asrama sekolah untuk mengujinya. Sampai akhirnya, Stanislaus tiba di Roma pada 25 Oktober 1567. Disana ia masuk novisiat Jesuit Biara Santo Andreas. Menurut pemimpin biaranya yang bernama Giulio Fazio. SJ, Stanislaus adalah model dan cermin kesempurnaan hidup religius.
Tanggal 10 Agustus 1568, Stanislaus jatuh sakit dan mengalami demam tinggi. Didetik-detik ajalnya, ia menulis sepucuk surat kepada Bunda Maria yang berisikan permintaan agar Tuhan mengangkat jiwanya ke surga pada saat perayaan Pesta Bunda Maria Diangkat ke Surga. Stanislaus berdoa agar jiwanya pergi ke surga bersama dengan Bunda Maria. Kemudian, tepat pada tanggal 15 Agustus 1568, Stanislaus meninggal dunia dan wajahnya bercahaya penuh ketenangan. Setelah kematiannya, banyak orang berbondong-bondong datang untuk melihat Stanislaus dan orang-orang sudah menyebutnya orang kudus. Hal ini semakin terlihat saat banyaknya mujizat kesembuhan orang cacat yang terjadi lewat doa perantaraannya dan orang-orang pun saling berebut barang milik Stanislaus.
Stanislaus di beatifikasi 19 Oktober 1605 oleh Paus Paulus V dan dikanonisasi 31 Desember 1726 oleh Paus Benediktus VIII. Lukisan Santo Stanislaus Kostka sangatlah beragam. Namun dari semua itu, yang paling terkenal adalah gambaran Stanislaus menerima bayi Yesus dari tangan Bunda Maria. Santo Stanislaus dikenal sebagai santo pelindung kota Polandia dan institusi-institusi religius, khususnya pelindung bagi para murid. Selain itu, ia juga menjadi tujuan doa orang-orang untuk kesembuhan penyakit jantung yang berdebar-debar dan penyakit-penyakit yang berbahaya.