Yohanes Almodovar lahir 6 Januari 1499 di Almodovar del Campo, Provinsi Ciudad Real Andalusia (Spanyol). Ayahnya bernama Alfonso de Avila adalah seorang Katolik yang saleh, meskipun ia adalah seorang Morrano Yahudi dan ibunya bernama Catalina Xixon.
Pada tahun 1513, Yohanes dikirim ke Universitas Samalanca untuk belajar ilmu hukum. Namun, Yohanes memutuskan untuk kembali ke tanah airnya pada tahun 1517 tanpa gelar sarjana. Selang 3 tahun kemudian, Yohanes mulai aktif pada kegiatan rohani dan berjuang mencapai kehidupan doa yang ketat serta disiplin. Kehidupan doanya telah menarik perhatian seorang rahib Fransiskan, sehingga ia menyarankan agar Yohanes belajar Filsafat dan Teologi untuk ditahbiskan menjadi imam. Lalu, Yohanes pun meneruskan pendidikannya di Universitas Alcalá de Henares yang dibimbing oleh seorang Pastor Dominikan bernama Pastor Domingo de Soto, OP.
Saat sedang belajar inilah, kedua orangtuanya meninggal dunia dan ketika ia ditahbiskan menjadi imam pada musim semi 1526, Yohanes memimpin misa pertamanya didekat makam kedua orangtuanya. Kemudian, Yohanes menjual segala harta miliknya dan membagikannya kepada orang miskin, sekaligus mempersiapkan dirinya untuk perutusan misionaris ke Meksiko.
Pada bulan Januari 1527, Yohanes berangkat ke pelabuhan Seville, sambil menunggu keberangkatannya ke Meksiko. Selama menunggu di Seville, kesalehan hidupnya, kepandaiannya dalam berkatekese serta berkhotbah, telah menarik perhatian Pastor setempat yang bernama Pastor Hernando de Contreras. Lalu, Yohanes dikenalkan dengan Uskup Agung Seville dan Inkuisitor Agung yang bernama Alonso Manrique de Lara. Bapa Uskup merasa kesucian hidup dan keteguhan iman Yohanes dibutuhkan untuk membangkitkan kembali iman Katolik umat di Andalusia. Setelah dibujuk berulang kali, akhirnya Yohanes memutuskan untuk membatalkan keberangkatannya ke Amerika dan berkarya di Andalusia.
Di Seville, Yohanes tinggal bersama dengan Pastor Hernando de Contreras. Ia dikenal oleh umatnya sebagai seorang pastor yang baik hati kepada kaum miskin, namun tegas juga kepada kaum bangsawan yang sombong. Salah satu kejadian fenomenalnya terjadi pada tanggal 22 Juli 1529, dimana saat itu, gereja tempat ia mempersembahkan misa dipadati oleh umat dan rela berdesak-desakkan hanya untuk mendengarkan khotbahnya. Selain itu, pada masa ini, Yohanes juga menulis sebuah karya terkenal yang berjudul “Audi, filia.” (Dengar, Putri).
Namun, karena kerasnya reformasi iman dan ancaman dari para bangsawan materialistik, membuat Yohanes diadukan ke inkuisisi di Seville pada tahun 1531. Yohanes dipenjarakan pada musim panas 1532 atas pernyataan Yohanes tentang bahayanya harta kekayaan dan Gerbang Surga tertutup bagi orang kaya. Tetapi, tuduhan ini tidak terbukti dan Yohanes pun dibebaskan pada tahun 1533. Setelah bebas dari penjara, Yohanes berangkat melayani di Keuskupan Cordoba pada awal tahun 1534. Yohanes dan bersama murid-muridnya berkeliling untuk berkhotbah, mendirikan sekolah dan perguruan tinggi di Granada, Baeza, Montilla dan Zafra. Pada masa inilah ia mendapatkan gelar Master of Sacred Theology di Granada pada tahun 1538.
Salah satu universitas besar yang ia dirikan adalah Universitas Baeza pada tahun 1538 dan universitas ini berdasarkan peraturan Paus dari Paus Paulus III. Universitas ini menjadi teladan dan contoh untuk seminari dan sekolah Ordo Serikat Jesuit di Andalusia.
Niat Yohanes untuk mendirikan sebuah kongregasi khusus imam-imam Apostolik, dibatalkan karena karyanya telah didukung dengan perkembangan pesat dari Serikat Jesuit yang ada di Montmatre, Perancis sejak tahun 1534. Ditahun-tahun terakhirnya, Yohanes membimbing 30 muridnya untuk bergabung dengan Serikat Jesuit.
Yohanes meninggal dunia 10 Mei 1569 di Montilla, Cordoba. Lalu, ia dimakamkan di Gereja Inkarnasi, Cordoba, Spanyol. Yohanes dibeatifikasi 12 November 1893 oleh Paus Leo XIII. Menjelang proses kanonisasinya, beberapa karya besar Yohanes mulai diterbitkan, diantara lain, Audi filia, 82 kumpulan khotbah, beberapa komentar Alkitab, 257 surat serta pembahasan mengenai reformasi. Melalui karyanya, diketahui Yohanes banyak menulis surat kepada para pejabat gereja. Selain itu, ia juga menulis surat kepada Santo Ignatius Loyola, Santo Yohanes da Deo dan Santa Teresa dari Avila. Kemudian, Beato Yohanes dari Avila dikanonisasi 31 Mei 1970.
Bersama dengan Santa Hildegardis dari Bingen, Yohanes dinyatakan sebagai Doktor Gereja baru pada tanggal 7 Oktober 2012 oleh Paus Benediktus XVI. Ditengah lapangan Basilika Santo Petrus, Paus Benediktus XVI berkata, “Santo Yohanes dari Avila adalah seorang yang sangat ahli mengenai Alkitab, dianugerahi semangat misi yang berapi-api. Ia tahu bagaimana memahami dengan cara yang unik, misteri penebusan Kristus bagi manusia. Seorang hamba Tuhan, yang menyatukan kehidupan doa dengan karya kerasulan. Ia mengabdikan dirinya untuk mewartakan dan untuk lebih sering menerima sakramen, memusatkan komitmennya dalam meningkatkan pembentukan calon imam, kaum klerus dan awam, sebagai buah reformasi Gereja.”