Yohanes lahir pada tanggal 31 Januari 1597 di Fontcouverte, Languedoc, Perancis Selatan. Ketika usianya masih 18 tahun, Yohanes bergabung dengan Ordo Serikat Yesus. Didalam seminari, Yohanes menunjukkan panggilannya dari Tuhan lewat caranya berdoa. Selain itu, Yohanes juga mempunyai semangat memberikan katekese iman Katolik disela-sela waktu luangnya.
Setelah ditahbiskan menjadi imam, Yohanes memulai karyanya sebagai misionaris pengkhotbah. Khotbah-khotbahnya sederhana dan berasal dari hatinya. Khotbah sederhana itu lebih ia berikan kepada masyarakat kecil dan rakyat jelata. Tak heran banyak orang datang berbodong-bondong untuk mendengarkannya. Selain memberikan khotbah setiap pagi, ia awali harinya dengan doa dan memberikan Sakramen Tobat. Pada siang harinya, ia mengunjungi orang sakit dan para tahanan dalam penjara.
Seorang imam memberi kesaksian tentang Yohanes Fransiskus Regis yaitu, ia melihat Yohanes sedang berdiri ditumpukan salju dipuncak bukit dan ia sedang menyampaikan khotbahnya. Setelah itu, pada malam harinya ia mendengarkan pengakuan dosa. Terkadang, Yohanes berangkat dari tempat tinggalnya menuju ke kota yang jauh letaknya dari jam 3 subuh dengan hanya membawa beberapa buah apel sebagai bekal perjalanannya.
Suatu hari, ketika Yohanes sedang dalam perjalanan ke sebuah dusun, ia terjatuh dan kakinya patah. Yohanes tetap melanjutkan perjalanannya dengan menopangkan tangannya pada bahu temannya. Setibanya di dusun itu, Yohanes tidak memeriksakan kakinya yang terluka, tetapi ia langsung mendengarkan pengakuan dosa. Pada malam harinya, setelah selesai memberikan Sakramen Tobat, kakinya diperiksa oleh seorang dokter dan dokter itu menyatakan bahwa kaki Yohanes telah sembuh total secara ajaib.
Yohanes Fransiskus Regis ditemukan meninggal dunia 31 Desember 1640 saat ia sedang melakukan perjalanan misionarisnya di hutan. Pada malam hari sebelum ia meninggal dunia, Yohanes berkata, “Aku melihat Tuhan kita dan BundaNya membukakan pintu gerbang surga bagiku.” Kemudian, Yohanes Fransiskus Regis dibeatifikasi 8 Mei 1716 oleh Paus Klemens XI dan dikanonisasi 5 April 1737 oleh Paus Klemens XII.