Yohanes lahir dan hidup pada tahun 304 dan berasal dari Mesir. Dimasa mudanya, Yohanes belajar keterampilan seorang tukang kayu. Kemudian, diusia 25 tahun, Yohanes memutuskan untuk meninggalkan hidup duniawi dan menjadi seorang pertapa. Ia menghabiskan waktunya untuk berdoa dan bermatiraga serta tinggal di padang gurun. Ia menjadi seorang pertapa yang terkenal pada masa itu.
Selama 10 tahun, Yohanes juga belajar dari seorang pertapa tua dan ia menyebutnya Bapa rohaninya. Setelah Bapa rohaninya meninggal dunia, Yohanes tinggal di beberapa biara selama 4-5 tahun untuk mempelajari cara hidup para rahib.
Sampai suatu hari, ia menemukan sebuah gua yang terletak diatas batu karang yang tinggi. Ia membagi guanya menjadi 3 ruangan, yaitu ruang tamu, ruang kerja dan ruang doa. Penduduk daerah sana juga datang membawakan makanan dan keperluan lainnya untuk Yohanes. Selain itu, Yohanes juga dikunjungi oleh banyak orang yang meminta nasehatnya, salah satunya adalah Kaisar Thedosius I yang datang pada tahun 388 dan tahun 392.
Karena banyaknya orang yang datang untuk berkunjung dan tinggal bersama Yohanes, maka para murid Yohanes mendirikan sebuah pondok. Pondok itu dirawat dengan baik supaya orang-orang yang datang dapat merasakan manfaat dan kebijaksanaan Yohanes.
Disisi lain, Yohanes juga memiliki karunia untuk mengetahui masa depan, membaca pikiran orang dan menyembuhkan penyakit dengan minyak krisma. Meskipun ia terkenal, Yohanes tetap rendah hati dan melakukan pola hidup matiraga yang keras, karena Yohanes merasa dengan bermatiraga, ia memiliki hubungan yang akrab dengan Tuhan. Yohanes dari Mesir pun wafat ditahun 394 diusianya yang ke 90 tahun.
