Margareta lahir pada tanggal 17 April 1620 di Troyes, Perancis. Ia merupakan anak ke-6 dari 12 bersaudara dan kedua orang tuanya adalah orang yang saleh. Margareta menghabiskan masa hidupnya di Montreal, Kanada.
Lalu, diusianya yang ke 19 tahun, ibunya meninggal dunia dan sejak itu, ia merawat semua adik-adiknya. Tetapi, diusia 27 tahun, ayahnya juga meninggal dunia. Setelah Margareta dan adik-adiknya tumbuh dewasa, Margareta mulai berdoa untuk meminta bimbingan Tuhan agar ia bisa melanjutkan hidupnya. Sampai suatu hari, Gubernur Montreal datang mengunjungi Perancis dengan tujuan untuk mencari guru untuk Dunia Baru. Kemudian, Margareta diajak bergabung untuk mengajar di sekolah dan di kelas-kelas agama.
Sebelum berangkat ke Montreal, Kanada, Margareta memberikan seluruh bagian warisannya kepada anggota keluarga lainnya. Para anggota keluarganya tidak percaya, bahwa Margareta akan berangkat ke daerah yang masih primitif. Namun, niat Margareta sudah bulat dan ia pun berlayar pada tanggal 20 Juni 1653. Ia tiba di Kanada pada pertengahan November 1653.
Pada tahun 1657, Margareta mulai mendirikan sebuah kapel yang dipersembahkan kepada Bunda Maria Penolong yang Baik. Kemudian, ditahun 1658, Margareta membuka sekolah pertamanya. Namun, karena kekurangan tenaga pengajar, maka Margareta pun kembali ke Perancis pada tahun 1659 dan kembali ke Kanada bersama 4 orang lainnya. Disusul ditahun 1670, Margareta ke Perancis dan kembali ke Kanada bersama 6 orang lagi. Dengan bertambahnya anggota, maka Margareta resmi mendirikan sebuah kongregasi biarawati yang bernama Kongregasi Notre-Dame dan ia menjadi biarawati pertama dari kongregasi tersebut.
Ketika terjadi bencana kelaparan, kongregasi ini membantu masyarakat untuk bertahan hidup. Mereka membuka sekolah keterampilan dan mengajarkan kaum muda bagaimana cara mengurus rumah tangga, serta pertanian. Kongregasi Notre-Dame pun terus tumbuh dan berkembang, sampai ditahun 1681 sudah ada 18 biarawati dan diantaranya ada 7 gadis Kanada. Mereka berhasil membuka daerah misi lebih banyak lagi dan mengutus 2 biarawati untuk mengajar di suku Indian. Margareta pun menerima 2 wanita suku Indian pertama yang bergabung dengan kongregasinya tersebut.
Pada tahun 1693, Margareta mulai menyerahkan kongregasinya kepada superior biara baru yang bernama Moeder Marie Barbier, seorang gadis Kanada pertama yang bergabung dengannya. Regula kongregasinya pun diakui oleh gereja pada tahun 1698. Disisa hidupnya, Margareta menghabiskan waktunya dengan berdoa dan menulis otobiografi.
Suatu hari diakhir tahun 1699, ada seorang biarawatinya yang terbaring sekarat. Karena merasa kasihan, maka Margareta berdoa kepada Tuhan agar nyawa biarawati itu ditukar dengannya. Tuhan pun mengabulkan permintaan tersebut. Tepat pada tanggal 1 Januari 1700, biarawati itu pun sembuh secara ajaib. Namun, sebagai gantinya Margareta mengalami demam tinggi selama 12 hari. Margareta pun meninggal dunia 12 Januari 1700 di Montreal, Quebec, Kanada.
Margareta Bourgeoys divenerasi 19 Juni 1910 oleh Paus Pius X, dibeatifikasi 12 November 1950 oleh Paus Pius XII dan dikanonisasi 31 Oktober 1982 oleh Paus Yohanes Paulus II.
